The coffee genome provides insight into the convergent evolution of caffeine biosynthesis
France DenœudCNRS, UMR 8030, CP5706, Evry, FranceLorenzo Carretero‐PauletDepartment of Biological Sciences, 109 Cooke Hall, University at Buffalo (State University of New York), Buffalo, NY 14260, USAAlexis DereeperInstitut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR Résistance des Plantes aux Bioagresseurs (RPB) [Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD), IRD, UM2)], BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, FranceGaëtan DrocCIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, FranceRomain GuyotIRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, FranceMarco PietrellaItalian National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Development (ENEA) Casaccia Research Center, Via Anguillarese 301, 00123 Roma, ItalyChunfang ZhengDepartment of Mathematics and Statistics, University of Ottawa, 585 King Edward Avenue, Ottawa, Ontario K1N 6N5, CanadaAdriana AlbertiCommissariat à l’Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, FranceFrançois AnthonyInstitut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR Résistance des Plantes aux Bioagresseurs (RPB) [Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD), IRD, UM2)], BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, FranceGiuseppe ApreaItalian National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Development (ENEA) Casaccia Research Center, Via Anguillarese 301, 00123 Roma, ItalyJean‐Marc AuryCommissariat à l’Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, FrancePascal BentoCommissariat à l’Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, FranceMaria BernardCommissariat à l’Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, FranceStéphanie BocsCIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, FranceClaudine CampaIRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, FranceAlberto CenciBioversity International, Parc Scientifique Agropolis II, 34397 Montpellier Cedex 5, FranceMarie‐Christine CombesInstitut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR Résistance des Plantes aux Bioagresseurs (RPB) [Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD), IRD, UM2)], BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, FranceDominique CrouzillatNestlé Research and Development Centre, 101 Avenue Gustave Eiffel, Notre-Dame-d’Oé, BP 49716, 37097 Tours Cedex 2, FranceCorinne Da SilvaCommissariat à l’Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, FranceLoretta DaddiegoENEA Trisaia Research Center, 75026 Rotondella, ItalyFabien De BellisCIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, FranceStéphane DussertIRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, FranceOlivier GarsmeurCIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, FranceThomas GayraudIRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, FranceValentin GuignonBioversity International, Parc Scientifique Agropolis II, 34397 Montpellier Cedex 5, FranceKatharina JahnAG Genominformatik, Technische Fakultät, Universität Bielefeld, 33594 Bielefeld, GermanyVéronique JamillouxInstitut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherches en Génomique-Info (UR INRA 1164), Centre de Recherche de Versailles, 78026 Versailles Cedex, FranceThierry JoëtIRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, FranceKarine LabadieCommissariat à l’Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, FranceTianying LanDepartment of Biological Sciences, 109 Cooke Hall, University at Buffalo (State University of New York), Buffalo, NY 14260, USAJulie LeclercqCIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, FranceMaud LepelleyNestlé Research and Development Centre, 101 Avenue Gustave Eiffel, Notre-Dame-d’Oé, BP 49716, 37097 Tours Cedex 2, FranceThierry LeroyCIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, FranceLeiting LiDepartment of Plant Biology, 148 Edward R. Madigan Laboratory, MC-051, 1201 West Gregory Drive, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, IL 61801, USAPablo LibradoDepartament de Genètica and Institut de Recerca de la Biodiversitat (IRBio), Universitat de Barcelona, Diagonal 643, Barcelona 08028, SpainLoredana LopezENEA Trisaia Research Center, 75026 Rotondella, ItalyAdriana MuñozDepartment of Mathematics, University of Maryland, Mathematics Building 084, University of Maryland, College Park, MD 20742, USABenjamin NoëlCommissariat à l’Energie Atomique, Genoscope, Institut de Génomique, BP5706, 91057 Evry, FranceAlberto PallaviciniDepartment of Life Sciences, University of Trieste, Via Licio Giorgieri 5, 34127 Trieste, ItalyGaetano PerrottaENEA Trisaia Research Center, 75026 Rotondella, ItalyValérie PoncetIRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, FranceDavid PotCIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, FrancePriyono PriyonoIndonesian Coffee and Cocoa Institute, Jember, East Java, IndonesiaMichel RigoreauNestlé Research and Development Centre, 101 Avenue Gustave Eiffel, Notre-Dame-d’Oé, BP 49716, 37097 Tours Cedex 2, FranceMathieu RouardBioversity International, Parc Scientifique Agropolis II, 34397 Montpellier Cedex 5, FranceJulio RozasDepartament de Genètica and Institut de Recerca de la Biodiversitat (IRBio), Universitat de Barcelona, Diagonal 643, Barcelona 08028, SpainChristine Tranchant‐DubreuilIRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, FranceRobert VanBurenDepartment of Plant Biology, 148 Edward R. Madigan Laboratory, MC-051, 1201 West Gregory Drive, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, IL 61801, USAQiong ZhangDepartment of Plant Biology, 148 Edward R. Madigan Laboratory, MC-051, 1201 West Gregory Drive, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, IL 61801, USAAlan Carvalho AndradeLaboratório de Genética Molecular, Núcleo de Biotecnologia (NTBio), Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, Final Av. W/5 Norte, Parque Estação Biológia, Brasília-DF 70770-917, BrazilXavier ArgoutCIRAD, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes Méditerranéennes et Tropicales (AGAP), F-34398 Montpellier, FranceBenoît BertrandCIRAD, UMR RPB (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, FranceAlexandre de KochkoIRD, UMR Diversité Adaptation et Développement des Plantes (CIRAD, IRD, UM2), BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, FranceG. GraziosiDNA Analytica Srl, Via Licio Giorgieri 5, 34127 Trieste, ItalyRobert J HenryQueensland Alliance for Agriculture and Food Innovation, The University of Queensland, St. Lucia 4072, AustraliaJayaramaCentral Coffee Research Institute, Coffee Board, Coffee Research Station (Post) - 577 117 Chikmagalur District, Karnataka State, IndiaRay MingDepartment of Plant Biology, 148 Edward R. Madigan Laboratory, MC-051, 1201 West Gregory Drive, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, IL 61801, USAChifumi NagaiHawaii Agriculture Research Center, Post Office Box 100, Kunia, HI 96759-0100, USASteve RounsleyBIO5 Institute, University of Arizona, 1657 Helen Street, Tucson, AZ 85721, USADavid SankoffDepartment of Mathematics and Statistics, University of Ottawa, 585 King Edward Avenue, Ottawa, Ontario K1N 6N5, CanadaGiovanni GiulianoItalian National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Development (ENEA) Casaccia Research Center, Via Anguillarese 301, 00123 Roma, ItalyVictor A. AlbertDepartment of Biological Sciences, 109 Cooke Hall, University at Buffalo (State University of New York), Buffalo, NY 14260, USAPatrick WinckerCNRS, UMR 8030, CP5706, Evry, FrancePhilippe LashermesInstitut de Recherche pour le Développement (IRD), UMR Résistance des Plantes aux Bioagresseurs (RPB) [Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD), IRD, UM2)], BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France
2014en
ABI
Annotatsiya
Coffee is a valuable beverage crop due to its characteristic flavor, aroma, and the stimulating effects of caffeine. We generated a high-quality draft genome of the species Coffea canephora, which displays a conserved chromosomal gene order among asterid angiosperms. Although it shows no sign of the whole-genome triplication identified in Solanaceae species such as tomato, the genome includes several species-specific gene family expansions, among them N-methyltransferases (NMTs) involved in caffeine production, defense-related genes, and alkaloid and flavonoid enzymes involved in secondary compound synthesis. Comparative analyses of caffeine NMTs demonstrate that these genes expanded through sequential tandem duplications independently of genes from cacao and tea, suggesting that caffeine in eudicots is of polyphyletic origin.
Hali tarjima qilinmagan
Identifikatorlar
Iqtiboslar va manbalar
3 ta iqtibos0 ta foydalanilgan manba